Investigadores estadounidenses del Instituto Boyce Thompson (BTI), la Universidad de Cornell y el Departamento de Agricultura de los Estados Unidos (USDA) han presentado en Nature Communications un mapa espacio-temporal de la expresión génica en todos los tejidos y etapas de desarrollo de la fruta del tomate, la información genética que subyace a cómo una fruta cambia de adentro hacia afuera a medida que madura. La colaboración involucró a varios grupos de investigación, todos los cuales estudian la biología de la fruta del tomate y han trabajado juntos durante muchos años.
La mayoría de las investigaciones previas en este tema se habían centrado en la fruta de tomate como un tejido homogéneo, o solo en la parte exterior carnosa. Para este proyecto, los investigadores analizaron cada tejido individualmente en todas las etapas de desarrollo, requiriendo cuidado extremo, tiempo y varias habilidades, que es donde la colaboración era clave.
El primer objetivo fue generar un atlas transcriptómico durante el desarrollo de la fruta de tomate con un nivel sin precedentes de resolución espaciotemporal. Para tener un muestreo imparcial que fuera lo más representativo posible cosecharon más de 400 muestras de más de 60 plantas de tomate individuales seleccionadas al azar. Los investigadores diseccionaron cuidadosamente los tejidos de tomate a mano y con microdisección de captura láser para aislar y secuenciar el ARN, el material genético que hace que cada tejido sea distinto, de los tejidos individuales e incluso de las células.
La secuencia de datos se compiló, analizó y organizó en el Tomato Expression Atlas (TEA), donde se puede analizar para investigar los diversos procesos biológicos importantes para el desarrollo de la fruta. La base de datos TEA ofrece un nivel de interactividad sin precedentes y formas novedosas de visualizar datos de expresión multidimensionales complejos. Fuente: Cornell + Nature + ChileBio
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