El cultivo de algodón transgénico tipo Bt está permitido en ciertos estados de la India desde 2002, y a partir de la siembra de este año 2005 en prácticamente todos donde el cultivo tiene importancia.
En la India existen además de las semillas certificadas oficiales, semillas clandestinas de este tipo, multiplicadas y comercializadas al margen de la legislación, sobre las que las empresas de semillas afirman que son de una calidad dudosa, y en cualquier caso inferior a la semilla producida dentro de la ley por las empresas reconocidas. Por otra parte, grupos activistas antibiotecnología como Amigos de la Tierra o la activista antiglobalización Vandana Shiva, afirman que las variedades transgénicas no ofrecen ninguna ventaja económica sobre las convencionales.
Para comprobar la veracidad de estas afirmaciones se han comparado por parte de la Universidad de Reading (Reino Unido) los márgenes brutos del cultivo de algodón en diversas localidades durante 2003 y 2004, comparando los cultivos procedentes de semilla de algodón Bt legal; de semilla Bt clandestina y de semillas híbridas convencionales.
El resultado ha sido que los híbridos Bt de semilla certificada son superiores en términos de margen bruto de forma significativa a los Bt de producción clandestina y que estos últimos los son de las variedades convencionales. La principal causa de este mayor beneficio del algodón Bt es la menor utilización de insecticida.
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