La UE cofinancia los gastos de la erradicación de enfermedades. Con el fin de evitar el riesgo de una sobrevaloración de los animales y conseguir la mayor transparencia posible, la Comisión ha establecido nuevas normas de financiación. (Reglamento nº 349/2005). Estas normas inciden especialmente en lo que respecta al plazo de pago al propietario de los animales o de los productos, y los valores que pueden optar a una financiación comunitaria.

El valor unitario por animal o producto será como máximo :

a) 900 € por bovino sacrificado;
b) 125 € por porcino sacrificado;
c) 100 € por ovino o caprino sacrificados;
d) 2,20 € por gallina ponedora sacrificada, y 1,20 € por gallina de engorde sacrificada;
e) 0,20 € por huevo para incubar destruido, y 0,04 € por huevo destinado al consumo destruido.

La Comisión tiene previsto ir actualizando estos valores según la evolución de los mercados y la tasa de inflación.

En cuanto a los plazos de pago, se ha establecido que el ganadero deberá recibir la indemnización en el plazo máximo de 90 días a partir del sacrificio de los animales. En el caso de que el Estado miembro no cumpliera estos plazos, la Comisión penalizará al Estado, reduciendo la participación financiera comunitaria.

De esta forma, si los pagos se efectúan entre 91 y 105 días después del sacrificio de los animales y/o de la destrucción de los huevos, la Comisión aplicará un 25% de reducción de los gastos subvencionables. Si se paga entre 106 y 120 días después, la reducción será de un 50%. Si se paga entre 121 y 135 días después, la reducción será de un 75% y si se paga después de 135 días tras el sacrificio, la reducción será del 100%.