La Comisión actúo de forma muy satisfactoria durante la crisis de la fiebre aftosa que se produjo en 2001. Sin embargo, antes de que estallara la crisis, la actuación de la Comisión no fue adecuada. Estas son las principales conclusiones de un informe del Tribunal de Cunetas de la UE (Informe Especial n° 8/2004). La crisis de la aftosa pilló desprevenida a la Comisión, aunque ésta supo reaccionar a tiempo.

El informe indica que antes de la crisis de 2001, la Comisión no evaluó suficientemente el sistema establecido de prevención y lucha contra la aftosa, por lo que no se corrigieron a tiempo las carencias del mismo. No obstante, una vez que se produjo la enfermedad, la actuación de la Comisión si fue rápida y eficaz, especialmente en la notificación de la enfermedad a los Estados miembros, la vigilancia y el sacrificio de los ovinos importados del Reino Unido antes del inicio de la crisis y el cierre de los mercados.

Durante la crisis se puso de manifiesto que el sistema de financiación comunitaria, tal y como se aplicó, provocó incoherencias: las tasas de reembolso para las diferentes enfermedades animales sólo se homogeneizaron en el caso de los porcinos, para el resto de los animales cada Estado aplicó un sistema diferente de evaluación del valor de los animales sacrificados. Además, los reembolsos que se hicieron a los países fueron tardíos.

En su informe, el Tribunal recomienda que se mejore la supervisión de las explotaciones, la notificación de la enfermedad y la rapidez de los sacrificios. Además, solicita que se clarifique el marco financiero aplicable a las epizootias, que se estudien medios para involucrar más al ganadero en la lucha contra la enfermedad y que se evalúen regularmente, en períodos que no sean de crisis, el dispositivo de prevención y de lucha de la enfermedad.