Las mejores medidas para el control de Bacillus cereus son la regulación de la temperatura y el establecimiento de un sistema HACCP. Esta es la opinión formulada por la Autoridad Europea de Seguridad Alimentaria (AESA). La bacteria Bacillus cereus es la causa de dos clases de contaminaciones alimentarias. Una es una intoxicación emética, que provoca vómitos, debido a la ingestión de una toxina que se forma en el alimento. La otra es una infección diarreica por la ingestión de esporas B. cereus.

El tratamiento por calor utilizado en el envasado de alimentos de bajo contenido en acidez asegura una completa destrucción de las espora de B. cereus. El número de esporas en otros alimentos procesados deben mantenerse lo más bajas posibles, mediante una adecuada limpieza y desinfección de los equipos. El enfriamiento rápido es necesario para prevenir la germinación y el crecimiento de las esporas de B.cereus. La reducción del pH por debajo de 4,5 inhibe B. cereus. En otros casos, la refrigeración por debajo de los 4ºC es necesaria para prevenir el crecimiento de todos tipos de B.cereus, incluyendo las cepas psicrotróficas.