La Comisión ha decidido una partida presupuestaria de 19,8 millones de euros para España, para la cofinanciación, al 50% de las campañas de erradicación de enfermedades para el año 2006. Esto implica un 37% del total de los 54,19 millones de euros dedicados a este fin. La cantidad destinada a España en 2005 fue unos 4 millones de euros más baja. El presupuesto comunitario se ha repartido entre 22 estados miembros, es decir, todos menos Suecia, Hungría y Malta.

España es, con gran diferencia, el país que más fondos ha recibido. En segundo lugar se encuentra Italia, a quién se le han aprobado unos fondos de 8,8 millones de euros.

Como el año anterior, los programas españoles de erradicación que serán cofinanciados por la UE son para las enfermedades de tuberculosis bovina, brucelosis bovina, brucelosis ovina y caprina, enfermedad de Auyeszky y lengua azul. Las tres primeras absorben prácticamente la totalidad del presupuesto, con 5 millones, 6 millones y 6,5 millones de euros, respectivamente. De hecho, España es el país comunitario que más dinero recibe para estas enfermedades, con gran diferencia con el resto de los países.

La dotación para el Auyeszky es bastante inferior y se ha reducido en relación con el año anterior, pasando de los 250.000 euros en 2005 a los 100.000 euros en 2006. Por el contrario, para la lengua azul, debido a la situación de la enfermedad, la dotación se ha elevado de los 25.000 euros para 2005 a los 2,2 millones para 2006.