La Comisión Europea ha dado el visto bueno a Alemania para que aplique una exención a la directiva nitratos. Dicha excepción supone permitir la aplicación de 230 kg de nitrógeno procedente de estiércol animal, por hectárea y año (frente a los 170 kg que fija la directiva) en prados intensivos de explotaciones específicas. La aplicación de nitrógeno procedente de estiércol animal en los cultivos de esas explotaciones no debe superar, sin embargo, los 170 kg de nitrógeno por hectárea y año. (Decisión 2006/1013/CE). Hasta derogación se aplicará hasta 2009.

Se estima que la exención puede llegar a aplicarse a alrededor de 13.500 explotaciones, 500.000 hectáreas y 11.600 toneladas de nitrógeno al año, que corresponden, respectivamente al 2,4 % de las explotaciones, el 2,9 % de la superficie agrícola utilizada y el 0,7 % del nitrógeno total de estiércol. Estas se encuentran principalmente en Baviera (Alta Baviera), Baden Wurttemberg (Tubinga), Baja Sajonia (Luneburgo, Weser-Ems) y Schleswig-Holstein.

Para conseguir esta exención, la administración alemana ha argumentado que el número de animales disminuyó, sobre todo por lo que respecta al número de cabezas de bovino (-25 %). También se ha reducido la aportación de nitrógeno procedente de estiércol por hectárea y año, pasando de un 11 % entre 1991-1993 y 2002-2004. El excedente de nitrógeno pasó de 120 a 101 kg por hectárea en el mismo período. También se ha reducido la concentración de nitratos de las aguas superficiales en el 83 % de las estaciones de seguimiento.