El proceso de producción de biocarburantes requiere un consumo de energía para producir el calor necesario en el proceso industrial, que usualmente suele ser proporcionado por energía fósil, como el gas natural. El hecho de que la producción de biocarburantes consuma energía fósil puede reducir considerablemente la eficacia del balance energético, tanto en cuanto a su valor comercial y de reducir las emisiones de gases de efecto invernadero.

La Universidad de Texas y al empresa de bioenergía Panda Energy Internacional están investigando utilizar en sus plantas de fabricación de bioetanol, la combustión de estiércol en lugar de gas natural.

Para hacer esto hay que salvar una serie de problemas técnicos entre los que destacan la necesidad de asegurarse un suministro de estiércol combustible y que esta sea de una alta calidad en cuanto a su capacidad calorífica, algo que depende en gran medida de su humedad e impurezas.