El sector del huevo de España ha hecho esfuerzos para reducir la prevalencia de Salmonella. Sin embargo, hay ciertas deficiencias en el sistema que podrían ser parcialmente responsables del limitado progreso en la mejora de la situación. Así lo ha puesto de manifiesto una misión de la Oficina Veterinaria y Alimentaria de la UE (FVO), realizada en octubre de 2006 y en la que visitaron las CC.AA. de Castilla-La Mancha, Castilla y León y Aragón.

El objetivo de la misión era investigar las acciones tomadas por las autoridades en relación con los focos de Salmonella producidos por el consumo de huevos de mesa o de productos elaborados con éstos. En los últimos años, varios países europeos como Reino Unido en 2002 y 2003, Italia en 2002 y Francia en 2005, han denunciado focos de Salmonella originados del consumo de huevos procedentes de España. Algunos han llegado a solicitar la prohibición del comercio intracomunitario de huevos procedentes de España.

Según el informe de la misión de la FVO, la administración central inició en el verano de 2006 un programa intensivo de vigilancia y control de la Salmonella, en coordinación con las administraciones autonómicas y el sector. El considerable descenso de las contaminaciones alimentarias en las preparaciones con huevos se debían principalmente a la prohibición de usar huevos crudos en la preparación de mayonesas y otras salsas en los establecimientos de hostelería.

Un informe de la Autoridad Europea de Seguridad de los Alimentos (AESA) señalaba que España tenía una de las mayores prevalencias de Salmonella en huevos de la UE (51,6%), cifra solo superada por Polonia, la República Checa y Lituania.