La Comisión Europea ha decidido abrir una investigación formal sobre la ayuda que la administración portuguesa concede desde 1998 para cubrir los costes de recogida, transporte, tratamiento y destrucción de subproductos de mamíferos y aves en matadero. Esta ayuda se financia a través de tasas parafiscales cobradas sobre la existencia de una eventual sobrecompensación conferida a las empresas prestatarias de los servicios y sobre la existencia de un beneficio para los centros de sacrificio y despiece y para los ganaderos en razón del servicio del que se beneficiaban.

Tras una queja en 2002, la Comisión examinó la financiación de este sistema de recogida. En varias ocasiones, los servicios de la Comisión preguntaron algunas cuestiones a la administración portuguesa, tales como cual era la compensación pagada por el servicio publico, el coste de dicho servicio y las tasas aplicadas, sin recibir respuesta. En febrero de 2006, la Comisión le envió a Portugal una petición formal de esta información, a la que Portugal tampoco contestó.

La Comisión le ha dado a la administración portuguesa una última oportunidad para facilitar la información solicitada, en el plazo de un mes. Pasado este plazo, la Comisión tomará su decisión final sobre si estas ayudas portuguesas son o no compatibles con la normativa comunitaria.