Los precios del maíz y soja ecológicos suelen ser mucho más atractivos que los de los granos convencionales. De acuerdo con un estudio de la Universidad de Iowa (EEUU), el precio medio del maíz ecológico fue más del doble que el del convencional y el de la soja ecológica en torno al doble del de la soja convencional. La volatilidad del mercado de los granos ecológicos fue menor que la del mercado de granos convencionales. Los precios del maíz orgánico suelen oscilar un 12% y los de la soja un 20%, es decir, las variaciones medias de precio suelen ser de 18 céntimos de € para el maíz y de 25 céntimos de € para la soja.
No obstante, la producción ecológica de soja y maíz tiene unos costes más elevados que la convencional, así como menos rendimientos. Sin embargo, según el informe de la Universidad de Iowa, resulta más rentable por sus mayores precios. Algunos estudios han mostrado que los rendimientos del maíz ecológico puede ser entre un 8-10% más bajo que el convencional y en el caso de la soja ecológica, entre un 1 a un 19% más bajo que la convencional.
Además, de las fluctuaciones de rendimientos, el mercado de los granos ecológicos es menos líquido que el de los convencionales, ya que los productores ecológicos pueden tener dificultades en encontrar mercados y los seguros de cosecha son mas elevados.
Los granos ecológicos y los convencionales van destinados a animales diferentes (convencionales o ecológicos) por lo que no sustitutos unos de otros y sus mercados no están relacionados. Por ejemplo, en julio de 2007, mientras que el maíz convencional descendía en un 13%, el maíz ecológico aumentado de 0,32 €/kg a 0,48 €/kg.
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