El genoma del pepino ha sido secuenciado por un consorcio internacional dirigido por el Instituto del Genoma de Pekín y la Universidad de California-Davis. También han colaborado laboratorios de Holanda, Dinamarca, Corea del Sur y Australia. El genoma se ha publicado en el número online del 1 de noviembre de la revista Nature Genetics.

El genoma del pepino dará una visión de la genética de toda la familia de las cucurbitáceas, en donde también están incluidas la calabaza, el melón y la sandía.

El pepino es la séptima planta con la secuencia de su genoma publicada, tras la bien estudiada planta modelo Arabidopsis thaliana, el álamo, la vid, la papaya, el arroz y el sorgo.

Por otro lado, lLa compañía de biotecnología holandesa Keygene ha anunciado que ha completado y entregado a International SOL Consortium un mapa físico de 950 Mb del genoma del tomate. Se espera poder contar con una mayor secuencia del genoma para finales de año.