En 2009, España seguirá siendo uno de los países de la UE que más fondos recibe por la cofinanaciación comunitaria de los programas de erradicación de enfermedades, con 41,90 millones de euros (Decisión 2008/897/CE). Esta cifra es superior a la percibida en años anteriores (34,3 millones de euros en 2008 y 35,2 millones de euros en 2007).
De los fondos destinados a España, un 71% es para la erradicación de enfermedades, un 18% para los programas de control y erradicación de las EET y un 11% para los de prevención y control de las zoonosis.

Como el año anterior, los programas españoles de erradicación que serán cofinanciados por la UE son para las enfermedades de tuberculosis bovina, brucelosis bovina, brucelosis ovina y caprina, lengua azul, enfermedad de Auyeszky e influenza aviar. A las cuatro primeras les corresponden unas cantidades elevadas, pero inferiores a las del año pasado, salvo para la lengua azul que se ha cuadriplicado para 2009: 5 millones; 3 millones; 4,5 millones de euros y 16,1 millones de euros, respectivamente.

A la influenza aviar le ha correspondido 350.000 euros (cantidad ligeramente superior a la de 2008) y a la enfermedad de Auyeszky, 800.000 euros (casi el doble que en 2008).

Además, España va a contar con 4,75 millones de euros para la cofinanciación al 50% de los programas de control de Salmonelosis (salmonela zoonótica) en manadas de aves ponedoras, reproductoras y de engorde de la especie Gallus gallus (en 2008 la cifra fue de 3,5 y 0,8 millones de euros para ponedoras y reproductoras, respectivamente).

En cuanto a los programas de control de las EET, a España le ha correspondido 7,4 millones para financiar los test al 100%, para cofinananciar al 50% el sacrificio y el genotipado en los programas de scrapie y el 50% de los gastos de sacrificio para la EEB.