El Tribunal de Cuentas de la UE ha emitido un informe especial sobre las ayudas agroambientales, en el que se constata la gran dificultad de constatar el buen fin de este tipo de ayudas y que la Comisión no ha verificado suficientemente el buen funcionamiento de los sistemas de control de estas ayudas, especialmente en lo que se refiere a las concedidas a los sistemas de producción denominados biológicos, orgánicos o ecológicos.

Las ayudas agroambientales suponen la medida de desarrollo rural más importante por su cuantía, de 13.480 millones de euros en el período 2000-2006. Según el Tribunal de Cuentas, la Comisión no puede garantizar más que de forma muy parcial el carácter verificable de las medidas y que no verifica suficientemente los sistemas de control. En lo que se refiere concretamente a las ayudas a la agricultura “bio”, que suponen una importante subpartida dentro de las ayudas agroambientales, el Tribunal estima que la Comisión no ha asumido sus responsabilidades.

Según el Tribunal de Cuentas, la Comisión, el Consejo y el Parlamento deben contemplar, para el nuevo período de programación 2007-2011, el principio de no aprobar ninguna ayuda cuya aplicación no pueda ser suficientemente controlada.