Según la Universidad de Kentucky, las variedades de maíz transgénicas tipo Bt, autoprotegidas contra insectos, reducen claramente el riesgo de presencia de micotoxinas; fumonisinas y aflatoxinas; substancias naturales producidas por hongos del genero Fusarium que pueden causar graves intoxicaciones y cáncer en personas y animales.

La diferencia entre la contaminación entre variedades Bt y no Bt es especialmente alta cuando las condiciones son favorables para la misma (alta humedad y temperatura suave) y cuando la proteína insecticida se expresa en los mismos granos de maíz, debido a que precisamente son los ataques de insectos a los granos por donde penetran los hongos que producen las micotoxinas. En estas condiciones, la reducción de micotoxinas es del orden de 50-75%.

También se observa una reducción substancial, pero menor, en los maíces Bt en los que la proteína Bt se expresa en los tejidos verdes y el polen, pero no en los granos.