El Consejo de Agricultura de la UE, ha aprobado sin debate (como punto A) lo que se conoce como paquete zoonosis. Se trata de dos propuestas legislativas presentadas por la Comisión, en agosto de 2001, para combatir las zoonosis. Una es una propuesta de directiva que obligará a los Estados miembro a poner en práctica sistemas de control e inspección, más estrictos y coordinados, y la otra, es una propuesta de reglamento sobre el control de las Salmonellas y otros agentes zoonóticos presentes en la cadena alimentaria.

Con la legislación actual, establecida por la Directiva 92/117, existen reglas para el control obligatorio de cuatro agentes zoonóticos (salmonelosis, brucelosis, triquinosis y tuberculosis debida a Mycobacterium Boris), así como también controles voluntarios para otros. Asimismo, hay medidas obligatorias para el control de ciertos tipos de Salmonella (Salmonella enteritidis y Salmonella typhimurium) en reproductores de aves. La principal ventaja de la nueva normativa aprobada es que permite la armonización de las normas en todos los Estados miembro y amplía las medidas de control a más tipos de animales y a más tipos de Salmonellas y otros agentes zoonóticos.

Desde que se presentaron las propuestas, éstas han sido ampliamente debatidas por el Consejo y el Parlamento, introduciéndose modificaciones en los textos iniciales. Por ejemplo, la posibilidad del control de la resistencia anti-microbiana no solo en los agente zoonóticos sino también para otras bacterias relevantes. Además, los controles de Salmonella progresivamente no solo cubrirán diferentes tipos de aves y cerdos reproductores, sino también cerdos para sacrificio.

Por otro lado, los períodos transitorios de los Estados miembros para implementar estas medidas serán ampliados y los controles en la fase inicial se reducirán a unos pocos serotipos de Salmonella, aunque éstos representan el 70% de los casos de salmonelosis confirmados en humanos.

En cuanto a la financiación de los gastos provocados por las medidas de control, que era uno de los puntos que en los debates preliminares había sido fuente de fricción, se ha resuelto tras el acuerdo de la Comisión de que las medidas de control obligatorias puedan tener co-financiación comunitaria. El nivel de financiación se determinará a la luz de un informe de arreglos financieros que la Comisión elaborará en los tres años siguientes a la entrada en vigor de estas nuevas regulaciones.

En cuanto a los calendarios previstos, el sistema de supervisión de los agentes zoonóticos se iniciará con Salmonella, por considerarlo prioritario. A los 12 meses de entrada en vigor del reglamento (previsto para primeros de noviembre), se aplicará en gallinas productoras de pollitos. Después, con intervalos de 12 meses irán entrando en vigor para gallinas productoras de huevos, broilers, pavos, cerdos para sacrificio y finalmente para reproductores porcinos.

Los programas nacionales de control se aplicarán 18 meses después de la entrada en vigor para cada uno de los objetivos antes mencionados. Después de un período transitorio, las restricciones a la comercialización se aplicarán a los huevos de mesa de animales sospechosos o confirmados de tener ciertos tipos de Salmonella (se iniciará 72 meses después de la entrada en vigor del reglamento). La carne de pollo también tendrá que cumplir ciertos criterios microbiológicos (iniciándose 84 meses después de la entrada en vigor del reglamento). Para otros animales y otros agentes zoonóticos distintos a la Salmonella hay también un procedimiento establecido.