La Consejería de Medio Ambiente y Rural de la Junta de Extremadura acata la decisión judicial de atribuir una responsabilidad compartida a la administración regional y al Ministerio de Agricultura en la sanción sobre los pastos. La multa de la Comisión Europea, establecida por considerar como superficies admisibles para pagos directos los pastos arbustivos y arbolados en los años 2007 y 2008, fue de 20.851.445,62 euros. El acuerdo del Consejo de Ministros estableció la responsabilidad al 50 por ciento entre la Comunidad Autónoma y la Administración General del Estado, es decir, que cada una debía pagar 10,4 millones.

Extremadura recurrió al considerar que la responsabilidad era exclusiva de la Administración General del Estado, al haberse adoptado un sistema de identificación que pivota sobre la parcela catastral, cuya competencia corresponde a dicha Administración General del Estado, quien por ello es la “única y exclusiva responsable de los incumplimientos por la identificación de la superficie”. Añadía la Junta que se limitó a ejecutar lo regulado y ordenado por la Administración General del Estado.
El Supremo no comparte estos argumentos y cree que hubo responsabilidad de las dos administraciones, la central y la autonómica.

La Junta de Extremadura se ratifica en que durante los años a los que se refiere la sanción y en lo sucesivo ha abonado correctamente las ayudas agrarias y los ganaderos no han percibido indebidamente ningún importe.

La Junta destaca que esta primera sanción no fue recurrida ante el Tribunal de Justicia de la Unión Europea por el Ministerio y el entonces GOBEX lo solicitó fuera de plazo, por lo que en este recurso no se ha entrado en el fondo del asunto, sino que sólo se trataba de juzgar quién debía asumirla. El Gobierno de España, en el año 2015 comunicó a Extremadura que debía abonar la totalidad de la sanción y, tras las alegaciones presentadas en agosto de 2015, el Consejo de Ministros asumió la mitad de la misma. La Junta no se conformó con esa asunción compartida de responsabilidad y presentó un recurso contencioso administrativo para que el Gobierno de España abonara la totalidad.

El Tribunal Supremo no ha estimado las diferencias que existen entre los pastos mediterráneos y los bosques de otras zonas de España. En el caso de Extremadura, los pastos se encuentran fundamentalmente en las dehesas, que son utilizadas totalmente por la ganadería, por lo que no se descontaron los árboles y arbustos, ya que son alimento para el ganado. En las zonas boscosas no se abonaban ayudas por ser consideradas superficies forestales. La realidad de esta región no tiene nada que ver con la de otras zonas de España donde se encuentran bosques que no deben ser considerados pastos, según defiende la Junta.

La mayoría de las comunidades autónomas aplicaron la normativa igual que Extremadura de acuerdo con lo regulado por el Ministerio y, de hecho, en años sucesivos, España ha continuado siendo sancionada por el mismo motivo. Sin embargo, estas sanciones sí han sido recurridas al Tribunal de Justicia de la Unión Europea, a instancias, entre otras, de la Junta de Extremadura.