Cuando la infección de fiebre aftosa es muy elevada, la vacunación no evita la propagación de la enfermedad, siendo más efectiva la medida del sacrificio de animales. A estas conclusiones han llegado expertos de la Universidad de Wagenigen (Países Bajos). Además, han comprobado que las vacunas son menos eficaces reduciendo la propagación de la enfermedad que en otros animales. En vacas y ovejas, la vacunación reduce la propagación, aunque en terneros y corderos, los resultados son menos optimistas.

Las vacunas pueden resultar eficaces en cerdos cuando hay una baja concentración de virus, pero los expertos mantienen que lo realmente efectivo para controlar la enfermedad es la prohibición de los movimientos y el sacrificio de los animales.