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Herramienta genética para deducir el origen ibérico

27/04/2020

La carne y los productos curados derivados de los cerdos Ibéricos tienen unas características sensoriales y nutricionales excepcionales que están asociadas al origen genético de la raza Ibérica. Las hembras Ibéricas se suelen cruzar con machos de la raza Duroc para acelerar tanto su crecimiento y mejorar de esa manera el porcentaje sobre la canal de las llamadas piezas nobles (jamones, paletas y lomo). La norma de calidad para la carne, el jamón, la paleta y la caña de lomo ibérico (RD 4/2014) establece que son productos “100% Ibérico” cuando proceden de cerdos Ibéricos puros o “Ibéricos” cuando proceden de cerdos cruzados. En este último caso, el porcentaje de la raza Ibérica puede ser del 75% (hijos de machos cruzados Duroc x Ibérico) o 50% (hijos de machos Duroc).

Investigadores del Departamento de Mejora Genética Animal y del Centro de I+D en Cerdo Ibérico (Zafra) del Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria (INIA) han desarrollado un panel de 64 marcadores genéticos del tipo SNV que permite estimar la proporción de alelos (variantes de un gen) que provienen de la raza Ibérica y de la raza Duroc en una muestra, ya sea de animales o de producto fresco o curado. Los SNV son variantes sencillas de un nucleótido en una posición particular en la secuencia del ADN, de tal forma que en esas posiciones los individuos pueden presentar un nucleótido diferente (adenina, guanina, citosina o timina) o bien tener uno más o uno menos (inserción/deleción).

En este trabajo los investigadores seleccionaron 64 SNVs distribuidas por todos los cromosomas con frecuencias extremas entre las razas Ibérica y Duroc, es decir, variantes muy representadas en Ibérico y muy poco en Duroc, o al contrario. De esta forma se puede hacer una correcta discriminación entre estas razas y calcular el porcentaje de cada una de ellas en un cruce. Estos 64 SNVs se identificaron a partir de secuencias del genoma completo de individuos puros Duroc e Ibérico obtenidas mediante las llamadas técnicas de “next-generation sequencing” y del análisis bioinformático de las mismas.

El cálculo de la proporción de cada raza en una muestra se realizó mediante un método probabilístico con información a priori, para lo cual se requiere un banco de datos de muestras genotipadas para los 64 SNVs de las poblaciones de referencia (Ibérico y Duroc). Para la validación del procedimiento se dispuso además de muestras fiables de los diferentes tipos de cruces Duroc x Ibérico (75%, 50% y 25% de Ibérico). En este análisis se comprobó que la proporción media de genética Ibérica era del 0,99 y 0,01 para las muestras conocidas de individuos Ibéricos y Duroc puros y del 0,77 y 0,48 en individuos cruzados al 75% y al 50% respectivamente.

En una fase posterior, utilizando el mismo procedimiento, se calculó la proporción de cada raza a partir de los genotipos de 1.419 muestras de origen racial desconocido, asignándolas a las categorías Ibérico puro, Duroc puro, Cruce 75%, Cruce 50% y Cruce fuera de Norma (cruces que tienen un porcentaje de alelos Ibéricos inferior al 50%).

Este panel es por lo tanto una herramienta genética útil para poder inferir el origen Ibérico puro o cruzado en muestras procedentes de animales vivos, así como de carne y de productos curados. Su bajo coste y fácil implementación hace que se pueda utilizar como herramienta adicional de control para poder reforzar la regulación de la producción de cerdo Ibérico.

El control de la Norma de Calidad en los requisitos raciales es un ejemplo de su utilidad, puesto que este panel ya se está aplicando en colaboración con la Asociación Interprofesional del Cerdo Ibérico (ASICI) en los verracos del 50%.

El estudio con la identificación y localización en el genoma del cerdo de los 64 SNVs y con los resultados obtenidos en las pruebas de validación del panel, se ha publicado online en la revista Meat Science, el pasado 19 de abril (https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2020.108152).

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