En la UE, los pollos de engorde, durante el sacrificio, han mostrado unos elevados niveles de prevalencia de la bacteria Campylobacter, si bien la prevalencia de Salmonella ha sido más baja, de acuerdo con un muestreo realizado en 2008 por la Autoridad Europea de Seguridad de los Alimentos (EFSA). El muestreo se realizó en la UE-27 menos Grecia y en Noruega y Suiza.

La bacteria Campylobacter se detectó en todos los países muestreados. El 71,2% de las muestras del contenido cecal dieron positivas (lo que indica que los pollos estaban contaminados cuando estaban vivos), así como un 75,8% de las muestras sobre la canal (consecuencia de una contaminación posterior).

La prevalencia del Campylobacter resultó muy variable, según países. En el contenido cecal, las muestras contaminadas oscilaron entre un 2% de Estonia a un 100% de Luxemburgo. En España, la prevalencia detectada fue de un 88%, la tercera cifra más alta por detrás de Luxemburgo y Malta.

En el caso de la contaminación en muestras de la canal, la prevalencia varió entre el 4,9% de Estonia y el 100% de Luxemburgo. En España, el porcentaje de muestras positivas fue de un 92,6%, siendo también, la tercera más alta, tras Luxemburgo y Estonia.

Alrededor de dos tercios de los aislados de Campylobacter, tanto en los intestinos como en las canales, fueron Campylobacter jejuni, mientras que el tercio restante era Campylobacter coli.

En el caso de la Salmonella, la prevalencia fue considerablemente más baja. Como media, el 15,7% de las canales dieron positivas a salmonella spp. En muestras de 17 Estados miembro se detectó la presencia de los dos tipos de salmonella que son responsables de la mayor parte de infecciones por este patógeno en humanos: S. enteritidis y S. typhimurium, con una prevalencia media de un 3,6%. En España, el porcentaje de muestras positivas a algunos de estos dos tipos de salmonella llegó a un 6,8%, la tercera cifra más elevada tras Polonia y Portugal. Por el contrario, en Dinamarca, Chipre, Estonia, Finlandia. Irlanda, Luxemburgo, Malta, Suecia y el Reino Unido, este porcentaje fue 0.

Durante el muestreo, las muestras se tomaron cuando los pollos llegaron al matadero y cuando la canal va a ser enfriada, tras el sacrificio. El muestreo se llevó a cabo en 2008, en un total de 10.132 muestras de 561 mataderos en 26 Estados de la UE y en Noruega y Suiza.