Al haber optado España por un modelo de regionalización de las ayudas directas de la nueva PAC inspirado en las comarcas agrarias, una de las consecuencias de los reglamentos aprobados es que los derechos de ayuda solo podrán ser activados en la misma «región» en que se generaron. Esta misma limitación se aplica a las transferencias de derechos que no sean por sucesión inter vivos o mortis causa, pero incluso en estos casos los derechos que se transfieran solo podrán ser activados en la «región» en que se generaron. El término «region» no debe ser entendido en sentido administrativo (Comunidad Autónoma en España), sino que se refiere a las zonas definidas para la aplicación de la PAC, que en España serán combinaciones de comarcas agrarias y usos del suelo.

En el caso de España, esta disposición puede complicar bastante la gestión de sus explotaciones a los agricultores, si tienen superficies en varias «regiones». Por ejemplo, un agricultor que tenga derechos de regadío y de secano no podrá intercambiarlos, y si una parcela se transforma (por ejemplo de secano a regadío, o de cultivo a pasto permanente) ya no servirá para activar los derechos que generó. Lo mismo ocurre si las parcelas de la explotación, aunque tengan el mismo uso, están en comarcas limítrofes pero con distinto importe medio.

Si finalmente se aprobara la reducción de las «regiones» a 42 estratos, como era la idea inicial del Ministerio, este problema se reduciría en algunos casos, pero seguiría siendo importante. Además, se daría lugar a situaciones paradójicas como que un olivarero de Jaén compartiría «región» con un productor de arroz de las Vegas del Guadiana en Badajoz, pero si este tiene olivos en la parcela vecina (en secano o regadío, da igual) estos estarían en otra «región» distinta, junto con las praderas permanentes de un ganadero de leche de Lugo, que a su vez, cerrando el bucle, si siembra maíz forrajero estaría en la misma «región» que los olivares de Jaén. Si en vez de 42 «regiones» en total se hicieran 42 «regiones» por cada uso del suelo, se podrían poner ejemplos similares, configurándose unas 140 «regiones» (no todos los usos tienen comarcas en todos los estratos) formadas por una nube de parcelas dispersas por determinadas comarcas esparcidas por toda España; las parcelas irían variando a medida que se modifiquen los usos en cada campaña.