El uso de cultivos tolerantes a herbicidas supone una reducción de la contaminación de las aguas por herbicidas y una mejora de su calidad, según un estudio realizado en EEUU durante cuatro años, en el que se ha comparado la presencia de herbicidas en las aguas de escorrentía provenientes de campos de cultivos convencionales y de soja y maíz OMG tolerantes a herbicida.

La razón principal es que los cultivos tolerantes herbicida permiten reemplazar los herbicidas residuales por herbicidas de contacto, que se degradan más fácilmente y son más respetuosos con el medio ambiente.

En el estudio, los residuos de la soja tolerante al glifosato fueron la séptima parte de un cultivo de soja convencional tratada con metribuzina y la mitad que otro con alaclor, herbicidas residuales a los que desplaza el glifosato. En el caso de maíz tolerante al glufosinato de amonio, los residuos detectados fueron la cuarta parte del cultivo convencional tratado con atrazina

Además de eso los herbicidas de contacto suponen menor problema de contaminación ya que a igualdad de concentración son más tolerables que los residuales y tienen una mayor velocidad de degradación.