En 1998, la Unión Europea impuso una moratoria de facto sobre la aprobación de nuevos productos biotecnológicos que duró hasta 2004. A partir de entonces se sucedieron aprobaciones de nuevos OMG con cuentagotas, todas ellas por el atípico procedimiento de agotamiento administrativo, en el que la Comisión aprueba sus propias propuestas ante la inexistencia de mayorías a favor o en contra en los comités y en el propio Consejo de la UE. En total se han aprobado solamente 9 eventos OMG desde 1998, existiendo otros 35 pendientes esperando decisiones administrativas.

Aunque el sistema de aprobación de los OMG en la Unión Europea se basa teóricamente en criterios científicos relacionados con la seguridad para la salud o el medio ambiente, razón por la que las aprobaciones son caso por caso; en la práctica ha habido muy pocas discusiones sobre estas cuestiones y las votaciones sobre los eventos concretos han tenido en muchos casos un carácter político.

Un reciente informe del Departamento de Agricultura de EEUU (USDA) describe los mecanismos de aprobación de nuevos OMG en la Unión Europea y su situación, con la lista de los productos aprobados y los pendientes; las prohibiciones adicionales que existen en algunos Estados Miembros, la implementación de las normas de etiquetado y trazabilidad, el asunto de la coexistencia y otros aspectos relacionados con la biotecnología agraria en la UE.