La aplicación de la reforma de al PAC deja amplia discrecionalidad a los Estados Miembros en el aspecto fundamental del desacoplamiento. Según el acuerdo alcanzado por el Consejo de Ministros, el desacoplamiento parcial de las ayudas se puede aplicar (o no) a nivel regional dentro de cada Estado Miembro, dentro de unos porcentajes máximos determinados y a algunas ayudas sí y a otras no con diversas opciones que en algunos casos son excluyentes. Además, según parece los estados pueden alegar dificultades técnicas para demorar la aplicación del desacoplamiento durante dos campañas comenzando hasta en 2007 en lugar de 2005.
 
El aplicar el desacoplamiento total o parcial y el a qué, cuanto, cuando y cómo del mismo se deja en gran medida a criterio de cada Estado Miembro que a su vez puede aplicarlo de forma regionalizada y de diferentes maneras para cada región. Con independencia de lo anterior, las competencias en agricultura están transferidas en España a las Comunidades Autónomas con lo que cabe la posibilidad de que estas sean consideradas como el Estado Miembro a efectos de la aplicación de la PAC, como ya ha señalado la Comunidad del País Vasco, y como ya ha demostró con los hechos Castilla-La Mancha con su ley de modulación regional de las ayudas agrarias.
 
En este panorama, cabe teóricamente la posibilidad de que algunas CCAA decidieran que aplican el desacoplamiento total por no tener zonas con problemas de abandono, porque la producción concreta tiene una importancia irrelevante en la CCAA y no le vale la pena la burocracia asociada, o simplemente porque no se comparta la teoría de que el desacoplamiento parcial sea algo deseable que beneficie a la agricultura o a las zonas rurales, estimando que el desacoplamiento total es mejor en su caso.
 
Igualmente, cabe pensar que algunas CCAA pueden estimar que es mejor dar largas a la misma aplicación del desacoplamiento, sea parcial o total, alegando problemas técnicos y no aplicarlo hasta 2007, y otras lo contrario estimar que es mejor que se aplique cuanto antes, ya en 2005. Por sectores, es imaginable que algunas regiones les interese por ejemplo la opción de no desacoplar la vaca nodriza y a otras la opción excluyente de acoplar un porcentaje de la ayuda al ternero, e incluso que dentro cada CCAA se apliquen criterios distintos para diferentes zonas o provincias.
 
Si la UE deja a cada Estado discrecionalidad para aplicar lo que considere más conveniente, es lógico pensar que España debería análogamente hacer lo mismo con las Comunidades Autónomas, aparte de la posibilidad que existe de que éstas puedan imponer sus competencias transferidas.
 
Es de suponer que en los próximos días las administraciones se van a reunir para tratar este asunto, debiendo pronunciarse sobre cuales serán los criterios que se van a aplicar, algo imprescindible para que los agricultores conozcan su futuro inmediato y se tomen las decisiones oportunas, porque aunque parezca lo contrario no hay tanto tiempo para aplicar la PAC y todas las decisiones que se tomen a partir de ahora están afectadas por la misma, por lo que había que saber de forma clara cual es la situación real, evitando toda confusión.