Los métodos habituales no permiten distinguir entre la EEB y la tembladera en los ovinos y caprinos. Aunque la EEB no se ha detectado en campo en estos animales, existe el riesgo de que pueda existir. Como en ambas enfermedades el nivel de infectividad del íleon es significativo desde las primeras fases, la Comisión ha optado, como medida de precaución, añadir el íleon del ganado  ovino y caprino de todas las edades, a la lista de materiales especificados de riesgo. Esta medida entrará en vigor a partir del 1 de octubre de 2003. (Reglamento 1139/2003)
 
Por otro lado, la Comisión también ha optado por modificar otras cuestiones en relación con las medidas sobre EET. Ha establecido las pruebas que deben llevarse a cabo en los animales destruidos en la erradicación de la enfermedad, una vez que se ha confirmado la presencia de EET en animales ovinos y caprinos, con el fin de recabar información epidemiológica.
 
Asimismo, para evitarse la contaminación con material procedente de las amígdalas y del tejido nervioso central al recoger carne de cabeza y lenguas de los bovinos,  es preciso un cuidadoso manejo de las cabezas y un cierre seguro del orificio frontal del disparo y el foramen mágnum. En consecuencia, la Comisión ha establecido que los mataderos y las salas de despiece específicamente autorizadas dispondrán de sistemas de control.
 
Además, las autoridades comunitarias han decidido ampliar a las medias canales cortadas en tres  piezas como máximo para su venta al mayor, las normas para la expedición a otros Estados miembros, sin el acuerdo previo de los mismos, de canales, medias canales y cuartos de canales que no contengan otro material especificado de riesgo distinto de la columna vertebral.