29/6/2005

Nuevo método para acelerar el análisis de las secuencias genéticas

Un laboratorio del Departamento de Energía de EEUU ha puesto a punto un método para acelerar el secuenciado del genoma de los seres vivos. El sistema denominado ScalaBLAST es una herramienta que divide el trabajo en fragmentos manejables por varios procesadores de forma simultánea, y el resultado es que la velocidad de análisis de la secuencia genética aumenta en varios órdenes de magnitud respecto a los métodos hasta ahora tradicionales.

Del mismo modo que un programa corriente no va más deprisa en un supercomputador de muchos procesadores que un ordenador doméstico, el disponer de un sistema más potente no acelera el secuenciado genético si no se es capaz de dividir el trabajo de forma que se pueda aprovechar "en paralelo" la capacidad disponible.

ScalaBLAST es capaz de dividir la secuencia genética y luego reensamblar los resultados obtenidos reconstruyendo donde estaba cada trozo analizado. Con este sistema, donde antes se tardaba 10 días en analizar el genoma de un organismo, ahora se tardan 9 horas en analizar 13 organismos de tamaño genético similar.


http://www.pnl.gov/news/2005/05-45.stm



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